La recherche à l’Université Ibn Tofail repose sur trois centres des études doctorales :

1. Sciences Techniques et Sciences Médicales
2. Sciences Juridiques, Économiques, Sociales et de Gestion
3. Lettres, Sciences Humaines, Arts et Sciences de l’Éducation

Ces centres sont structurés en 31 laboratoires et 60 équipes de recherche, offrant 27 formations doctorales et couvrant des domaines répondant aux priorités nationales.